「STAP細胞の懐疑点」に関するテンプレ・スレッド

[過去ﾛｸﾞ] 「STAP細胞の懐疑点」に関するテンプレ・スレッド (430ﾚｽ)
上下前次 1-新
通常表示 512ﾊﾞｲﾄ分割ﾚｽ栞

このｽﾚｯﾄﾞは過去ﾛｸﾞ倉庫に格納されています｡
次ｽﾚ検索歴削→次ｽﾚ栞削→次ｽﾚ過去ﾛｸﾞﾒﾆｭｰ

2: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/05/13(火) 16:34:55.22

□主要文献
小保方Nature論文（オープンアクセス）
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html

Nature News記事：Acid-bath stem-cell study under investigation
http://www.nature.com/news/acid-bath-stem-cell-study-under-investigation-1.14738

上記Nature News翻訳版： 理化学研究所、STAP細胞論文の調査に着手
http://www.natureasia.com/ja-jp/nature/specials/contents/stem-cells/id/news-news-140217

体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見－細胞外刺激による細胞ストレスが高効率に万能細胞を誘導－
http://www.riken.jp/pr/press/2014/20140130_1/

理化学研究所：60秒でわかるプレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2014/20140130_1/digest/
研究論文（STAP細胞）に関する情報等について
http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140327_1/

Essential technical tips for STAP cell conversion culture from somatic cells
http://www.nature.com/protocolexchange/protocols/3013

Refined protocol for generating STAP cells from mature somatic cells.
https://research.bwhanesthesia.org/research-groups/cterm/stap-cell-protocol

京都大学iPS細胞研究所： iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察
http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/other/140212-194926.html

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/2

3: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/05/13(火) 16:35:36.55

□参考リンク
11jigenまとめ　http://stapcells.blogspot.jp
Knoepfler Lab Stem Cell Blog　http://www.ipscell.com/
kahoの日記: STAP細胞の非実在について＃1-5　http://slashdot.jp/~kaho/journal

◯小保方論文コピペ疑惑画像詰め合わせ◯
http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394542256/13
最後にもう一度TCR、慶應大学吉村研究室
http://new.immunoreg.jp/uploads/fckeditor/uid000001_20140402123124dc82d952.jpg
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350
分子生物学会理事長声明 、『STAP細胞論文等への対応について』『再要望』
http://www.mbsj.jp/admins/statement/20140303_seimei.pdf
http://www.mbsj.jp/admins/statement/20140311_seimei.pdf

日本学術会議会長談話　STAP細胞をめぐる調査・検証の在り方について
http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-d6.pdf
理研・野依理事長が研究・出版倫理と不正行為についてAdv. Synth. Catal.誌に寄稿
http://www.wiley.co.jp/blog/pse/?p=14657

STAP 細胞に関する難波紘二先生の辛辣なコメント(目次)
http://blog.fujioizumi.verse.jp/?eid=247
小保方他(2014a)の日本語解説(by md345797氏)
http://syodokukai.exblog.jp/20313842/
小保方他(2014b)の日本語解説(by md345797氏)
http://syodokukai.exblog.jp/20326345/
□兄弟スレ
STAP細胞（未来技術板：ID表示）　http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394192207/
STAP細胞の懐疑点 出張所　http://uni.2ch.net/test/read.cgi/future/1394542256/
STAP細胞質問スレ PART3　http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397222947/
□謎の予言：ムーミン谷のオホホポエム(時系列・暫定版・4.19修正版)
http://www.poverty.jeez.jp/ura/img/kenmou01318.txt

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/3

6: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/05/13(火) 16:38:26.78

[笹井氏の会見に対する反応]

2ch 生物板での反応:
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397706278/28
　「昨日の笹井氏の会見は全くまともな反論になっていない。ただのこけおどし。 」

岸輝雄・ 東京大名誉教授・理研「研究不正再発防止のための改革委員会」委員長の反応:
http://www.nikkei.com/article/DGXNASDG1803S_Y4A410C1CR8000/
　　笹井芳樹氏の責任について「（理研の小保方晴子氏と）同等の責任を持つべきだ」
　　と批判した。改革委は理研に対し、共著者の責任を明確にするよう求めていく方針。
　　…
　　実験ノートを見ていないと発言したことに関し「一緒に出したことが大事で、ある
　　部分は知ってるが、ある部分は知らないということは普通はあり得ないだろうと思
　　う」と苦言を呈した。

大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長のコメント:
http://nosumi.exblog.jp/20586616/
　「以上のような可能性を総合的に判断すると、
　　「STAP細胞が無くても十分説明できる現象である」と考えられます。」

吉村昭彦・慶応義塾大学教授のコメント:
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350
　「現在のところキメラや幹細胞でTCR再構成もBCR再構成も見つかっていないので
　　STAP現象があるという積極的な根拠はなく、むしろ『ない』と考えたほう常識的である。」

著者らの公表したゲノムデータを解析し、疑義を指摘した kaho 氏のコメント:
http://slashdot.jp/comments.pl?sid=629003&amp;cid=2583602
　「作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
　　そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．
　　「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながらその性質は日々変わることになりますから．」

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/6

7: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/05/13(火) 16:39:29.78

大隅典子・東北大学教授・日本分子生物学会理事長に寄せられたメールの一部:
http://nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/

「ESキメラとSTAPキメラは作製法が異なっていたことがそのまま答えになる」と思うに至りました。
つまり
（１）ES細胞をsingle cellにばらしてblastcystにinjectionすると胎児のみに寄与する
　　　（注：胎盤中央部は胎児由来なのでGFP陽性になります。ここで「胎児のみに寄与する」とは
　　　「胎盤全体がGFP陽性にはなるわけではない」という意味です）、
（２）ES細胞塊を小塊に切り分けてblastcystにinjectionすると胎児と胎盤の両方に寄与する、
ということではないかと考えてみました。残念ながら（２）に相当する実験を行った文献は見つかり
ませんでしたが、「8-cell embryoとES細胞塊とを融合させる」という形でのキメラマウス作製
を行っている文献が見つかりました（添付）。これは、ES細胞を「細胞塊として取り扱う」（single
cellにしない）という意味においては（２）に限りなく近い状況を再現していると考えられると思
います。驚くことに、Fig. 2J, 2KではTrophectodermにES細胞が取り込まれています。これ
は「invivoで作製されたiPS細胞はtotipotentである」というHannaらの論文（Nature 502
340-345, 2013）のFig. 4f によく似ています。なお添付文献のtext中には「積極的にtrophectoderm
に寄与したのではないかもしれない」という遠慮深い表現もありますが、Fig. 5Hでは胎盤（しか
も胎盤外縁部まで）が明らかにGFP陽性となっており、textにもそのように記載されています（黄
色でハイライトしました。なおここでFig. 5Gと書かれているのはFig. 5Hの誤りと思われます）。

つまり、ES細胞を「塊のまま」使ってキメラマウスを作製すれば胎児と胎盤の両方にコミットする、
と考えられるのではないかと思いました。そして、笹井氏の「胎児と胎盤に寄与できる既知の多能性
細胞はない」という主張は誤りであると思いました。即ち「STAP細胞の存在を仮定しなければ説明
ができない現象がある」のではなく、kahoさんの解析を基づいて考察すれば「ES細胞であったとし
なければ説明ができない現象がある」と言うべきと思われます。

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/7

8: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/05/13(火) 16:40:19.18

大隅ブログhttp://nosumi.exblog.jp/20586616/ コメント欄より
Commented by LiveCell at 2014-04-18 08:41

ライブセルイメージングの開発を行っている者です。
話題になっているので、イメージを見てみました。
セティングはx１０オブジェクティブ、DICイメージの質が悪いのでおそらくプラスティックボトルかディッシュ、自動焦点機能を使用、といったところでしょう。
興味深いのは蛍光非発現の細胞が減っていること。
細胞死によるのであれば、死んだ細胞のカスが残りますが（DICでは白く光って見える）、きれいに無くなっているので何かによって処理されていると考えられます。
この系ではおそらくマクロフェージの類だと思います。

では、マクロフェージであればイメージ中に見えているはずですが、最初の方のイメージ中にはありません。
これは自動焦点機能によるマジックでしょう。
たぶん、輪郭抽出による自動焦点機能が使われていると思いますが、この場合、焦点はディシュ表面ではなく、丈のある物体（イメージでは球形の細胞）の方に当たります。
マクロフェージのようなディシュ表面にべたっと付くタイプの細胞はこの条件では見にくいはずです。
後半に行くに従い、激しく動く細胞が見えだしますが、これは球形の細胞が減ったため、自動焦点がディシュ表面に移動し、見え始めたと思われます。
もし、この激しく動く細胞がSTAP細胞であれば、蛍光発現細胞に由来するはずですが、このイメージング条件ではディシュ表面に居る細胞が分からないので何とも言えません。
が、マクロフェージに補食されたと考えた方が合理的なように思います。

焦点をディシュ表面に固定化するかz－スタックを取ってイメージングすれば答えは簡単にでます。
おそらく、蛍光発現細胞がマクロフェージに補食されたイメージが取れると思います。
また、理研のhttps://www.youtube.com/watch?v=lVNbwzM2dI0&feature=youtu.be&app=desktopを見てみましたが、細胞がクシュとなるきれいな細胞死の一つのパターンのように見えます。
個人的にはこのような細胞（おそらく死細胞）からマウスが発生するとは思えません。

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/8

16: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/05/13(火) 16:47:45.31

■再実験担当の丹羽氏にも切り貼り疑惑？検証■[sage] 2014/04/06(日) 15:07:17.26

STAP細胞の懐疑点 PART226
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1396681629/944 　2014/04/05(土) 23:49:42.62
11次元様
今回の論文の共著者でもある丹羽氏がSTAP検証実験の責任者でもあるが 丹羽氏が責任著者の2011年のDevelopment誌の論文
（Development 2011 138:197-202、若山氏も共著者）のFig.3やSuppの図に不適切なバンドの切り貼りが存在しています
（ネガティブコントロールレーンの切り貼り、小保方氏と同じです）。

こんなことを許す研究者が検証実験と称して多額の税金を使うのはいかがなものかと。
ぜひ、この話題を取り上げてください。よろしくお願いします。
=================================================
丹羽論文Fig3：小保方さんよりチョーわかりやすい貼り付け画像がいっぱい（44枚全部、白線入れるなら100本以上）。よく査読通った（CDBの機関誌みたいなものだから？）。

http://dev.biologists.org/content/138/2/197/F3.large.jpg
=================================================
Choice of random rather than imprinted X inactivation in female embryonic stem cell-derived extra-embryonic cells
Kazuhiro Murakami, Kimi Araki, Satoshi Ohtsuka, Teruhiko Wakayama and Hitoshi Niwa1

Development 138, 197-202 (2011) doi:10.1242/dev.056606
http://dev.biologists.org/content/138/2/197.full.pdf
（丹羽さんがコレスポ＆ラスト）

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1399966447/16

上下前次 1-新書関写板覧索設栞歴

あと 409 ﾚｽあります
ｽﾚ情報赤ﾚｽ抽出画像ﾚｽ抽出歴の未読ｽﾚ AAｻﾑﾈｲﾙ

ぬこの手ぬこTOP 0.090s*