STAP細胞の懐疑点 PART688

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3: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:43:35.80

【STAP作製できず、CDB 人員半減へ】
http://www.nikkei.com/article/DGXLASGG26H0Z_W4A820C1MM8000/
理研、ＳＴＡＰ作製できず　再生研の人員半減 2014/8/27 2:00 日本経済新聞　電子版

理化学研究所によるＳＴＡＰ細胞の検証実験で、これまで一度も同細胞を作製できなかったことが26日、分かった。
あらゆる臓器や組織になる万能性を示す十分なデータも得られておらず、実験は最初の段階で難航している。
ＳＴＡＰ細胞が存在する可能性は極めて低くなった。理研が27日に開く検証実験の中間報告に関する記者会見で表明する見通し。

理研は４月、１年間をメドにＳＴＡＰ研究の舞台になった発生・再生科学総合研究センター（神戸市、ＣＤＢ）で検証実験を開始、今夏に途中経過を中間報告するとしていた。
当初の計画では、ＳＴＡＰ細胞が存在するなら６月末までに作製できるとみていた。
その後、第２段階に移行し、作製した細胞を入れたマウスの胚から胎児を育てて観察、新しい万能細胞かどうかを判断する予定だった。

複数の関係者によると、弱酸性の溶液にマウスの細胞を浸すとＳＴＡＰ細胞ができるはずが、
万能性の目印となる遺伝子の働きはとても弱く、万能細胞の代表であるｉＰＳ細胞や胚性幹細胞（ＥＳ細胞）にはるかに及ばないという。

７月からは小保方晴子研究ユニットリーダーも検証実験に参加した。今後、小保方氏による実験結果も加味してＳＴＡＰ細胞の有無を最終判断する。
現段階では存在しない公算がとても大きい。

研究不正を受けて中間報告と同時に27日に発表する理研の改革案では、ＣＤＢの組織と人事を大幅に見直す。竹市雅俊センター長を含む複数の研究所幹部を交代させる。
研究所の名称も改め、現在40ある研究室の半分を廃止か理研内の他の研究拠点に移す。現在約400人いる研究者らは半減になる見通し。

ＥＳ細胞が混じっているとの疑義も含め、ＳＴＡＰ研究を巡る様々な疑問点について、理研は本格的な調査を始める。
外部の専門家らでなる委員会を立ち上げ、研究不正が起こった経緯など全容解明を進める方針だ。

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/3

4: 名無しゲノムのクローンさん [] 2014/09/05(金) 20:43:54.52

●STAP細胞に関する学術的な疑義について

【主要文献】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/3
【参考リンク/兄弟スレ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/4
【STAP細胞　元細胞の由来，論文と矛盾】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/5
【日経サイエンス8月号まとめ(仮)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/6
【日経サイエンス9月号まとめ (仮)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/7
【STAP幹細胞の解析結果の7月22日時点でのまとめ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/8
【STAP細胞が胎盤にも胎児にもなるという記載の変遷】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/9
【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2012年12月～2013年04月】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/10
【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2013年5月～2014年8月】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/11
【STAP細胞の胎盤寄与・STAP幹細胞・FI幹細胞の時系列】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/12
【時系列の仮説】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/13
【理研 & CDB有志が調査すべきSTAP論文疑惑(の一部)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/14
【小保方氏、捏造がバレそうになってヒトでのSTAP細胞捏造に着手!?】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/15
【NHKスペシャル「調査報告 STAP細胞 不正の深層」まとめ (仮)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/16

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/4

5: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:44:20.21

【独立行政法人理化学研究所終了のお知らせ】

理研予算、概算要求で２割減額　独法化後初 文科省
http://www.nikkei.com/article/DGXLASGG29001_Z20C14A8EAF000/
日本経済新聞 2014/8/29 11:12

> 　文部科学省は29日発表した2015年度予算の概算要求で、理化学研究所の要求額を14年度予算と比べて約１％減らした。
> 前年度の概算要求からは約２割の大幅減となる。独立行政法人に移行した03年度以降、初の減額要求。ＳＴＡＰ細胞の
> 研究不正問題が影響した形で、27日に公表した理研改革案の実行に注力するためだという。
>
> 　国から理研に支出する運営費交付金として14年度予算より５億円少ない528億円を求めた。前年度の概算要求では648億円
> だった。文科省が所管する研究開発法人の中で減るのは理研だけ。通常は前年度より１～２割上乗せする例が多いが、
> 異例の減額となった。
>
> 　個別の詳しい金額は示していないが、ＳＴＡＰ問題の舞台となり改革案で規模縮小が決まった発生・再生科学総合研究
> センター（神戸市、ＣＤＢ）は予算が減るとみられる。
>
> 　理研は減額に、研究費削減や実験用機器の調達合理化などで対応する。研究者の雇用のため人件費は維持するという。
> 減らした研究費については、公募と審査を経て優れた研究に配分される国の「競争的資金」などで補充を目指す考えだ。

【平成27年度文部科学省概算要求・独法運営費交付金額の対前年度予算比】
http://www.mext.go.jp/component/b_menu/other/__icsFiles/afieldfile/2014/08/29/1351653_8.pdf#13
物質・材料研究機構 +21.1%
防災科学技術研究所 +16.7%
放射線医学総合研究所 +19.2%
科学技術振興機構 + 2.3%
日本学術振興会 +17.7%
宇宙航空研究開発機構 +14.9%
海洋研究開発機構 +17.3%
日本原子力研究開発機構 +27.0%

理化学研究所 -0.74%

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/5

6: 名無しゲノムのクローンさん [] 2014/09/05(金) 20:44:26.02

●STAP問題に関する、理研及び学会・大学の対応その他追加など

【日本学術会議幹事会声明「STAP細胞事案に関する理化学研究所への要望と日本学術会議の見解について」(2014年7月25日)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/17
【早稲田大学終了のお知らせ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/18
【理研職員４割が論文調査の優先を　アンケート、検証実験に不満募る】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/19
【第2回理研所内説明会まとめ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/20
【竹市雅俊 CDBセンター長、調査報告の一部を削除】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/21
【野依理事長ら理研幹部、遠藤氏や若山氏の解析結果公表に圧力】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/22
【改革委による残存試料解析・不正全容調査の要求を理研本部・CDBは拒否】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/23
【CDB有志からのリークが報道された直後に理研理事から全役職員に向けて発せられたメッセージ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/24
【笹井氏、小保方氏から画像不正流用を伝えられ、隠蔽工作と取られても仕方のない行動を取る】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/44
「ケビンコスナー発言」「O-S結合」
http://slashdot.jp/journal/578550/STAP%E7%B4%B0%E8%83%9E%E3%81%AE%E9%9D%9E%E5%AE%9F%E5%9C%A8%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6%EF%BC%83%EF%BC%92
「NHK スペシャル・論文には「STAP細胞から作ったキメラマウスのTCR再構成を調べた」とはあるが「再構成があった」とは書かれていない。」
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/57
【発生・再生科学総合研究センター細胞リプログラミング研究ユニット」に係る
経費の支出に関する全ての資料 (公開用).pdf】
http://www.nantoka.com/~kei/riken/
【理化学研究所の小保方博士が発見したＳＴＡＰ細胞について国際公開公報の読み方】
http://www.sumire-pat.jp/365/

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/6

8: 名無しゲノムのクローンさん [] 2014/09/05(金) 20:45:04.75

●STAP問題に関する、理研及び学会・大学の対応その他追加など

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/8

11: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:47:12.24

【早稲田大学終了のお知らせ】

小保方氏の学位「取り消しに該当せず」　博士論文の早大調査委
http://www.nikkei.com/article/DGXNASDG1703N_X10C14A7CR8000/

理化学研究所の小保方晴子研究ユニットリーダーの博士論文に文章や画像の流用が疑われた問題で、
早稲田大の調査委員会は17日、調査結果を公表した。論文に26カ所の問題点があると指摘したが、誤っ
て草稿を提出していたと説明。「学位を取り消す規定には該当しない」と結論づけた。

http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140717/k10013091151000.html
http://megalodon.jp/2014-0717-2328-31/www3.nhk.or.jp/news/html/20140717/k10013091151000.html

これについて、日本分子生物学会の副理事長で、九州大学の中山敬一教授は「数百字ほどの盗用で
あっても、不正と認定されて責任を問われるのが科学界の常識で、２０ページにわたって文章をそのまま
使っている今回のケースで責任を問わないという判断は考えられない。何の責任も問わないのであれば、
早稲田大学は教育機関としての責任を放棄していると言わざるをえない」と話しています。

http://mainichi.jp/select/news/20140718k0000m040001000c2.html
(http://megalodon.jp/2014-0717-2329-18/mainichi.jp/select/news/20140718k0000m040001000c2.html)
　調査委が認定した事実にも疑問が残る。調査委は対象となった小保方氏の論文を「草稿」だったと認めた。
だが小林委員長によると、小保方氏が「完成版」と主張する論文を調査委に郵送したのは今年５月２７日。
調査委は問題表面化後に作られたものかどうかを検証するため、電子データによる提出を求めていたが、
小保方氏側からデータが提出されたのは６月２４日。ファイルの最終更新履歴は当日だった。小林委員長も
「それ以上の検証はできなかった」と調査の限界を認めた。

さらに調査委は、小保方氏が「完成版」と主張する論文でも複数の不正を認めた。全５章のうち序章の
約４５００語が米サイトからの丸写しだったが、調査委は「博士号授与へ重要な影響を与えたとはいえない」
と判断した。この規模の「盗用」を認めながら博士号を保持できるのであれば、国内外の早大への信用と
権威は地に落ちるだろう。

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/11

13: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:47:56.04

[第2回理研所内説明会まとめ]

http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405595798/988
988 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/17(木) 22:54:28.56
　　Q「小保方を訴える考えはないの?」
　　A 古屋理事「ありません」
　　Q「なぜ不正認定された人間がそのままの地位で再現実験なんかするの? 普通の企業だったら人事部付とかに配置転換するのに」
　　A 古屋理事「小保方さんが体調を崩されていてそれに影響しないよう、人事については控えている」
　　Q「じゃあ小保方氏の体調を慮って理研全体を犠牲にしているということですね」
　　A 古屋理事「はい」

http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405602566/153
153 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/17(木) 23:18:43.01
　　？？？？「笹井先生は、再生医療の研究もしてないし、iPSの研究もしてないのに、
　　　　　　　なぜか iPS の再生医療のお金を取った。
　　　　　　　それが麻薬のように笹井先生を蝕んでいたということが問題の根底にある。
　　　　　　　そういう意味で私にも間接的には責任があると思っています。」

http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1405602566/484
484 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/07/18(金) 00:12:26.26
　　川合理事の説明で全く誠意に欠けると思ったのは、
　　「当初から我々はこの問題に対して『不正の調査』と『科学的検証』の両輪で対応してきた。」
　　「科学的検証には (検証実験だけでなく) 残存試料の解析や、バイオインフォマティクス解析も含まれている」
　　などとまるで最初から解析もやってましたよ的な言い方をしたこと。
　　(理研のページがこっそりそのように再構成されているので注目 → http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140327_1/)

案の定以下のように突っ込まれてた

Q「最初は試料の解析なんて意味がないとか、検証実験が最優先だとかいってたよね?」
　　A 川合理事「記者会見ではそのように発言していたかもしれないが、最初から解析も検討していた」
　　Q「とても信じられない。それを裏付けるエビデンスはあるの? 議事録とか? なければ小保方といっしょだよね」
　　A 川合理事「ぐぬぬ」

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/13

15: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:49:25.22

[CDB有志からのリークが報道された直後に理研理事から全役職員に向けて発せられたメッセージ]
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1401713853/166
http://common.riken.go.jp/contents/rikenbbs/detail/140527-01.pdf (理研所内ポータルサイト掲載)
166 ：名無しゲノムのクローンさん ：2014/06/02(月) 23:40:20.05
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　平成 26 年 5 月 27 日
役職員各位　　　　　　　　　　　　　　　総務担当理事　最高情報セキュリティ責任者
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　古 屋 輝 夫
　　　　　　　　　　　　　職務に関わる情報の取り扱いについて

今般のSTAP細胞論文の問題に関する報道やインターネット上において、公表
されていない重要な情報が所定の手続きを経ることなく所外に出ているのでは
ないかと思われる記述が見受けられます。この状況は極めて遺憾であり、業務
の円滑な遂行を妨げるだけでなく、研究所の信用を著しく傷つけることにもな
りかねません。
　STAP細胞論文の問題に限らず、研究所の役職員は、法律や諸規定により秘密
保持義務が課せられているとともに、これには罰則規定があることも再認識し、
業務に精励されるよう改めて周知いたします。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　以 上
参考：
○独立行政法人理化学研究所法 (平成 14 年 12 月 13 日法律第 160 号)
[...中略...]
第 15 条 研究所の役員及び職員は、刑法(明治 40 年法律第 45 号)その他の罰
則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。
第 23 条 第 14 条の規定に違反して秘密を漏らし、又は盗用した者は、1 年以下
の懲役又は30 万円以下の罰金に処する。
○定年制職員就業規程（平成 15 年 10 月 1 日規程第 33 号）
[...中略...]
第 54 条 定年制職員が次の各号の一に該当するときは、譴責、減給、出勤停止、
昇給停止若しくは制限又は役職剥奪若しくは降格に処する。
(7) 研究所の重大な秘密情報等を所外に漏らし、又は漏らそうとしたとき。
[...後略…]

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/15

16: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:50:10.51

【STAP細胞　元細胞の由来，論文と矛盾】
日経サイエンス【号外】2014年6月11日
>
> 理化学研究所の小保方晴子ユニットリーダーが作ったSTAP細胞の一部が，
> 論文に記したような新生児マウスの細胞から作ったものではないことが，理研の
> 内部資料から明らかになった。
>
> 小保方氏らが論文とともに公開した遺伝子データを新たな手法で解析したところ，
> STAP細胞に含まれるほぼすべての細胞が，8番染色体が3本ある「トリソミー」であることが判明。
>
> マウスの場合，8番トリソミーは胎児のうちに死亡し，生まれることはない。
> STAP細胞は新生児マウスから取って作ったのではなく，シャーレで培養された細胞
> だと考えられる。

全文は以下
http://www.nikkei-science.com/?p=42686
http://www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2014/06/20140611STAP.pdf

【ＳＴＡＰ 存在に新たな疑念】 (NHK 2014年6月3日)
>
> 横浜にある理化学研究所統合生命医科学研究センターの遠藤高帆上級研究員らのグループは、
> 研究所の論文の不正調査とは別に分析を独自に行い、報告書にまとめました。
>
> それによりますと、研究グループは小保方リーダーらが作製に成功したというＳＴＡＰ細胞を培養して
> 出来た細胞について、インターネット上に登録されている遺伝子のデータベースを使って詳しく分析し
> ました。その結果、この細胞は「Ｆ１」という種類のマウスから作ったとされていたのに、実際には、
> この実験には使われていないはずの「Ｂ６」と「ＣＤ１」という２種類のマウスの細胞だった疑いが強
> いことが分かったということです。

全文は以下
http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html
http://megalodon.jp/2014-0603-1948-49/www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/16

19: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:52:23.32

【STAP幹細胞の解析結果の7月22日時点でのまとめ】
http://mainichi.jp/graph/2014/06/16/20140616k0000e040170000c/002.html http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20140616_2/20140616_2_2.pdf http://jump.2ch.net/?www.ccn.yamanashi.ac.jp/~twakayama/LSHP/press20140722.pdf

STAP幹細胞の由来について
1. FLS x 8株 (129B6F1-GFP マウス由来) [2012年1～2月]
　→ 8株全て、CAG-GFP 遺伝子だけでなく、Acr-GFP遺伝子が同じ染色体部位に並んで挿入されている (挿入部位については解析中)
　→ 8株全て、GFP遺伝子がヘテロ
　つまり、若山氏が小保方氏に渡したマウスとは由来が異なる。
　また、若山研で維持されていた129系統マウスと大阪大学岡部研由来のB6マウスを掛けあわせたマウス由来の可能性がある (CAG-GFP 遺伝子と Acr-GFP 遺伝子が共挿入されたB6マウスは岡部研で樹立された)
2. FLS-T x 2株 (129B6F1-GFP マウス由来。FLS の一年後に樹立) [2013年3月]
　→ 矛盾なし
3. AC129 x 2株 (129/Sv マウス由来) [2012年9月]
　→ 2株全て、129B6F1 マウス由来
　つまり、若山氏が小保方氏に渡したマウスとは由来が異なる
4. GLS x 2株 (Oct-GFP-B6 マウス由来) [時期不明]
　→ 矛盾なし?

コントロールの受精卵ES細胞の由来について
5. 5株 (129B6F1-GFP マウス由来) [2012年5月]
　→ 矛盾なし (GFP遺伝子は18番染色体にホモで挿入)

STAP幹細胞の性別について
1. FLS x 8株 (129B6F1-GFP マウス由来)
　→ 全てオス
2. FLS-T x 2株 (129B6F1-GFP マウス由来。FLS の一年後に樹立)
　→ 全てオス
3. AC129 x 2株 (129/Sv マウス由来)
　→ 全てオス
4. GLS x 13株 (Oct-GFP-B6 マウス由来)
　→ 全てオス (Y染色体の一部に欠失がみられる)

STAP細胞は数体のオスメス混合で作ったはずなので実験ごとに、性別が揃うのは不自然

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/19

20: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/05(金) 20:53:07.89

[STAP細胞が胎盤にも胎児にもなるという記載の変遷]
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1397978711/677

2012/04/24　米国に仮特許出願US 61/637,631（以下「出願A」という）を行う
　　　　　　　　http://www1.axfc.net/u/3227005.pdf (← テキスト検索可能)
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022851022.pdf
2012/12-01　★ここで笹井氏がプロジェクトに参加
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1401184889/13
2013/03/13　米国に仮特許出願US 61/779,533（以下「出願B」という）を行う
　　　　　　　　http://www1.axfc.net/u/3227009.pdf (← テキスト検索可能)
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022881386.pdf

↑ここまで「STAP細胞が胎児にも胎盤にもなる」という記述はなく、
　↓ではじめて登場する(パラグラフ[0040]など)。さらに、笹井氏が発明者として追加されている。

2013/04/24　出願A,Bを優先権の基礎として、国際特許出願PCT/US2013/037996（以下「出願C」という）を行う。
　　　　　　　　http://www.google.co.jp/patents/WO2013163296A1
　　　　　　　　http://patentscope.wipo.int/search/docservicepdf_pct/id00000022883817.pdf
2013/10/31　出願Cが、公開番号WO2013163296として公開される

[特許出願書類中の記載事項の比較]
http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1399735731/11

「胎児にも胎盤にもなる」 …… 出願C以降
「光る胎児と胎盤の画像」 …… 出願A・B・Cには含まれず (Letter が初出?)
「STAP幹細胞」 …… 出願C以降? (ただし、STAP細胞の培養についての記述は出願A・Bにもあり?)
「FI幹細胞」 …… 出願C以降?
「STAP幹細胞120日実験」 …… 出願C以降
「メスのSTAP幹細胞」 …… 出願A・B・Cには含まれず (Article が初出?)
「TCR再構成の確認」 …… 出願B以降 (Science 投稿論文が初出?)
「EpiSCとの比較実験」 …… 出願B以降
「博論からの画像流用」 …… 出願Aのみ (B・Cには含まれず、Article で復活。出願Aの時点で既に弱酸刺激処理の結果として不正流用)

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1409917327/20

上下前次 1-新書関写板覧索設栞歴

あと 981 ﾚｽあります
ｽﾚ情報赤ﾚｽ抽出画像ﾚｽ抽出歴の未読ｽﾚ AAｻﾑﾈｲﾙ

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