[過去ﾛｸﾞ] 底辺私立医大を卒業した医者って頭悪いよね？ Part32 (1002ﾚｽ)
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406(1): 2024/09/14(土)12:06 ID:v9WwgBOq(2/2) AAS
>>405
Rでの試算

# 信頼区間からβ分布の形状係数を算出する
ci2ab=\(l,u,verbose=FALSE,cl=0.95){ # ci : [l,u], cl : confidence level
HDI=\(InvCDF=qbeta,cred=0.95,...){
opt=optimize(\(p) InvCDF(p+cred,...) - InvCDF(p,...),c(0,1-cred))
lwr=InvCDF(opt$min,...)
upr=lwr+opt$obj
c(lwr,upr)
}
f=\(ab){
LU=HDI(qbeta,cred=cl,shape1=ab[1],shape2=ab[2])
(LU[1]-l)^2 + (LU[2]-u)^2
}
opt=optim(runif(2,1,100),f)
opt=optim(opt$par,f)
par=opt$par
ls=HDI(qbeta,cred=cl,shape1=par[1],shape2=par[2])
if(verbose){
cat('mean =',round(par[1]/sum(par),3),'lower =',round(ls[1],3),' upper =',round(ls[2],3),'\n')
cat('α =',round(par[1],2),' β =',round(par[2],2),'\n')
curve(dbeta(x,par[1],par[2]),type='h',col=2,n=250,bty='l',ann=FALSE,axes=FALSE)
axis(1)
}
invisible(par)
}

abs=ci2ab(0.90,1.00)
abt=ci2ab(0.80,0.99)
k=1e6
s=rbeta(k,abs[1],abs[2])
t=rbeta(k,abt[1],abt[2])

# 検査陽性の事後確率
postp=\(p,s,t) p*s/ (1-t+p*(s+t-1)) # p:事前確率　s:感度　t:特異度
# 検査陰性の事後確率
postn=\(p,s,t) p*(s-1)/(-t+p*(s+t-1)) # p:事前確率　s:感度　t:特異度

res=postn(1-502/567,s,t)
1/mean(res)
1/median(res)

普段、俺が説明している数字になったのが( ・∀・)ｲｲ!!

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