【岸田首相】ビル・ゲイツ氏と電話会談　オミクロン株対応で連携【産経】 ★2 [少考さん★]

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346: ニューノーマルの名無しさん [sage] 2021/12/03(金) 18:35:39 ID:a9ySv9Ux0

>>1

> 検査キットもオミクロン用とか言ってからまだ検査態勢自体が曖昧

国立感染研究所のオミクロン株第ニ報報告から
コロナ判別PCRキットでThermo Fisher社TaqPathだけオミクロンが安全の陰性になるから、
他社の試薬で「当たり！」陽性の検体をThermo Fisher社TaqPathで陰性になったら、
オミクロン株の疑いが高い、っていうかオミクロン株だ。

オミクロン株について　国立感染症研究所　（変異の特徴）

宿主細胞の鍵穴ACE2に結合する、コロナ側のスパイクたんぱく質の「先端部分」のRBDに変異11ヶ所がある。
K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H

オミクロン株は基準株と比較し、棒状の「スパイクたんぱく質全体」に30か所のアミノ酸置換（以下、便宜的に「変異」と呼ぶ。）を有し、3か所の小欠損と1か所の挿入部位を持つ特徴がある。このうち15か所の変異は受容体結合部位（Receptor binding protein; RBD; residues 319-541）に存在する(ECDC. Threat Assessment Brief)。

オミクロン株に共通するスパイクタンパク質の変異のうち、H655Y、N679K、P681HはS1/S2フリン開裂部位近傍の変異であり、細胞への侵入しやすさに関連する可能性がある。nsp6における105-107欠失はアルファ株、ベータ株、ガンマ株、ラムダ株にも存在する変異であり、免疫逃避に寄与する可能性や感染・伝播性を高める可能性がある。ヌクレオカプシドタンパク質におけるR203K、G204R変異はアルファ株、ガンマ株、ラムダ株にも存在し、感染・伝播性を高める可能性がある(Department Health, South Africa. SARS-CoV-2 Sequencing & New Variant Update 25）。

ソース
SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統（オミクロン株）について（第２報）
https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2551-cepr/10792-cepr-b11529-2.html

オミクロン株 (B.1.1.529)のアミノ酸配列の変異の「全て」（コロナ全体の変異の総数は50ヶ所）
配列の読み取り: 2021-11-13

スパイクたんぱく質の変異 - A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

非スパイクたんぱく質の変異 - NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R
ソース
https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343
４

http://asahi.5ch.net/test/read.cgi/newsplus/1638519973/346

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