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秋田クールー病を社会生態学的に考える(その2) (396レス)
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2006/03/21(火)16:11
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32: 481 [] 2006/03/21(火) 16:11:41 【0042】 調達した食材を液体窒素等で凍結した後、乳鉢で粉砕し、食品DNA抽出に供する。抽出対象 としているDNAは植物でも微生物でもなくヒトDNAなので、DNA抽出法は一般的な動物組織からの DNA抽出法を用いればよく、それに適した様々なキットがバイテク関連会社からも販売されている。 ここで抽出できたDNAは単一の動物に由来しているケースよりも複数の動物個体に由来している ケースの方が多いと考えられるので、基本的には複合生物系DNAとして取り扱う事が肝要となる。 すなわちノーマン・ペースらが開発した微生物生態学でよく使われる複合生物系DNAライブラリーを 構築すれば良い。その際、最も取り扱いが容易なのはミトコンドリアDNAである。ミトコンドリアは元々、 根粒菌等が属するα−プロテオバクテリアが細胞内共生してできた細胞器官なのでそのゲノムは バクテリアと酷似しており、PCRを用いた複合生物系DNAライブラリーを構築する事が極めて容易である。 ミトコンドリアDNAの分析領域は基本的には何処でも良いが、蛋白をコードせず進化速度が速い D−ループ領域を含める事が望ましい。 【0043】 次に上で得た食品DNAを鋳型としてミトコンドリアDNA断片をPCRで増幅する。PCRプライマーは 全ての動物ミトコンドリアDNAで保存されている領域から報告されているユニバーサルプライマーを 用いても良いが、法医学の分野で用いられているヒトDNAにある程度特異的なプライマーを用いれば 分析が早くなる。次に、増幅したDNA断片を精製後、大腸菌及びTAクローニングベクター等を 用いてクローニングを行い「複合生物系ミトコンドリアDNAライブラリー」を構築すればよい。このライブラリーには 食材に含まれている多様な動物個体のミトコンドリア断片がランダムに含まれている。 http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/soc/1142918897/32
0042 調達した食材を液体窒素等で凍結した後乳鉢で粉砕し食品抽出に供する抽出対象 としているは植物でも微生物でもなくヒトなので抽出法は一般的な動物組織からの 抽出法を用いればよくそれに適した様なキットがバイテク関連会社からも販売されている ここで抽出できたは単一の動物に由来しているケースよりも複数の動物個体に由来している ケースの方が多いと考えられるので基本的には複合生物系として取り扱う事が肝要となる すなわちノーマンペースらが開発した微生物生態学でよく使われる複合生物系ライブラリーを 構築すれば良いその際最も取り扱いが容易なのはミトコンドリアであるミトコンドリアは元 根粒菌等が属するプロテオバクテリアが細胞内共生してできた細胞器官なのでそのゲノムは バクテリアと酷似しておりを用いた複合生物系ライブラリーを構築する事が極めて容易である ミトコンドリアの分析領域は基本的には何処でも良いが蛋白をコードせず進化速度が速い ループ領域を含める事が望ましい 0043 次に上で得た食品を鋳型としてミトコンドリア断片をで増幅するプライマーは 全ての動物ミトコンドリアで保存されている領域から報告されているユニバーサルプライマーを 用いても良いが法医学の分野で用いられているヒトにある程度特異的なプライマーを用いれば 分析が早くなる次に増幅した断片を精製後大腸菌及びクローニングベクター等を 用いてクローニングを行い複合生物系ミトコンドリアライブラリーを構築すればよいこのライブラリーには 食材に含まれている多様な動物個体のミトコンドリア断片がランダムに含まれている
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