[過去ログ] STAP細胞の懐疑点 PART502 (1001レス)
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7: 2014/07/03(木)17:04 AAS
AA省
8: 2014/07/03(木)17:05 AAS
【STAP細胞】若山氏の分析は「存在しない証拠」 小保方氏は再現に意欲 (1/2)
外部リンク[php]:www.47news.jp

STAP細胞の有無を調べる理化学研究所の検証実験が進む中、専門家の間で
「STAP細胞は存在しないだろう」という見方が広がっている。
論文共著者の若山照彦山梨大教授の分析や、理研の研究者による
ゲノム解析という科学的なデータが存在を強く疑問視したからだ。

 理研発生・再生科学総合研究センターの竹市雅俊センター長は
「相当否定的な状況ということは認識している」と明かす。
小保方晴子氏は検証実験への参加に強い意欲を見せるが、科学者らを納得させる結果を再現できるか。

 ▽15番染色体
省14
9
(3): 2014/07/03(木)17:06 AAS
【STAP細胞】若山氏の分析は「存在しない証拠」 小保方氏は再現に意欲 (2/2)
外部リンク[php]:www.47news.jp

▽3本の染色体
 理研の遠藤高帆上級研究員は独自に、小保方氏らが論文発表時にインターネットに
公開したSTAP細胞の遺伝情報を解析した。すると8番染色体が3本ある「トリソミー」という異常が見つかった。
 トリソミーのマウスは胎児の段階で死に、生まれてこないはずだ。小保方氏の主張は
ここでも覆された。一方、長期的に培養しているES細胞では、3分の1にトリソミーがあることも分かっている。
 小保方氏は「マウスと細胞は、若山氏の研究室以外から入手していない」と反論、
「間違いが起きない環境でSTAP細胞の存在を証明したい」と意欲を見せる。
 首都圏のある幹細胞研究者は「小保方氏が理研で再現に成功しても、誰も信じない。
省2
10
(1): 2014/07/03(木)17:06 AAS
【疑惑の当事者ら、こっそり集まって秘密実験。理研はこの事実を公表せず隠蔽】

万能細胞:STAP論文問題 小保方氏、検証立ち会う 理研で先月から
外部リンク[html]:mainichi.jp
 STAP細胞の論文不正問題で、理研が神戸市で進めているSTAP細胞の検証実験に、
小保方晴子・研究ユニットリーダー(30)が先月下旬から立ち会っていることが10日、
理研関係者への取材で分かった。
 理研広報室はこれまで「メールや電話で助言をもらっている」としか説明していない。
 検証実験は、論文で示した手順に従ってSTAP細胞の作製を再現し、
あらゆる細胞に変化できる万能性を持つかを厳密に調べるのが目的。
 今年4月から、神戸市の理研発生・再生科学総合研究センター(CDB)で、
省11
11: 2014/07/03(木)17:07 AAS
【ポエム新作: CDB検証実験 (再捏造疑惑?) について】
2chスレ:life
885 :名無しゲノムのクローンさん:2014/06/20(金) 11:06:42.39
  どうして誰も五郎左さんを助けてあげないの?労災まっしぐらよ。
  一番最初に白旗あげたしHPで手品ヒント公開したから罰ゲームなんて
  ひどすぎる。
  TCR、BCRリアレンジ万能細胞といえばiPSしかないけどさすがにこれは
  ばれちゃうでしょ。だから一生懸命組織特異的デリーション酢風呂万
  能細胞アイデアひねり出したわけ。マウス捌く振りしてほんとは受精卵
  回収ES樹立中。組織特異的CreをONにしてエア記憶をESに植えつけるなん
省15
12
(3): 2014/07/03(木)17:08 AAS
日経サイエンス【号外】2014年6月11日

STAP細胞 元細胞の由来,論文と矛盾
外部リンク:www.nikkei-science.com
外部リンク:megalodon.jp

> 理化学研究所の小保方晴子ユニットリーダーが作ったSTAP細胞の一部が,
> 論文に記したような新生児マウスの細胞から作ったものではないことが,理研の
> 内部資料から明らかになった。
>
> 小保方氏らが論文とともに公開した遺伝子データを新たな手法で解析したところ,
> STAP細胞に含まれるほぼすべての細胞が,8番染色体が3本ある「トリソミー」であることが判明。
省15
13: 2014/07/03(木)17:09 AAS
STAP 存在に新たな疑念 (2014年6月3日)
外部リンク[html]:www3.nhk.or.jp
外部リンク[html]:megalodon.jp

> 横浜にある理化学研究所統合生命医科学研究センターの遠藤高帆上級研究員らのグループは、
> 研究所の論文の不正調査とは別に分析を独自に行い、報告書にまとめました。
>
> それによりますと、研究グループは小保方リーダーらが作製に成功したというSTAP細胞を培養して
> 出来た細胞について、インターネット上に登録されている遺伝子のデータベースを使って詳しく分析し
> ました。その結果、この細胞は「F1」という種類のマウスから作ったとされていたのに、実際には、
> この実験には使われていないはずの「B6」と「CD1」という2種類のマウスの細胞だった疑いが強
省14
14: 2014/07/03(木)17:09 AAS
[日経サイエンス8月号まとめ(仮)]
外部リンク[html]:www.nikkei-science.com

8 番トリソミーや ES と TS の混ぜ混ぜ、若山氏の解析結果は既報のとおりなので省略すると、
重要な指摘は以下のとおり:

(STAP細胞のNGS解析について)
・NGS解析する細胞を取り違えた可能性は?
→ 解析は計4回 (SMARTer を 2 回、TruSeq を2回) 行われ、しかも1回ごとに新たなSTAP細胞を作ったとしており、
  また SMARTer 同士、TruSeq 同士の解析結果は一致していることから、その可能性は考えにくい。
  SMARTer の方には ES 細胞を使い、TruSeq の方には普通の体細胞を使ったと考えられる。

・SMARTer と TruSeq で細胞を使い分けた理由は?
省11
15: 2014/07/03(木)17:10 AAS
【若山先生依頼の第三者機関 (放医研) の解析結果まとめ: STAP幹細胞の由来について】
外部リンク[html]:mainichi.jp

1. FLS x 8株 (129B6F1-GFP マウス由来, ただしCDBの解析によれば FLS-3 と FLS-4 は B6129F1?)
 → 8株全て、GFP遺伝子の染色体挿入部位が第15番
 → 8株全て、GFP遺伝子がヘテロ
 つまり、若山氏が小保方氏に渡したマウスとは由来が異なる。
 しかも、『若山研に存在したことがない』マウス由来。
 (若山研は15番染色体上にGFP遺伝子を持つマウスを利用したことは一度もない)
2. FLS-T x 2株 (129B6F1-GFP マウス由来。FLS の一年後に樹立)
 → 矛盾なし
省17
16: 2014/07/03(木)17:11 AAS
【若山先生依頼の第三者機関 (放医研) の解析結果まとめ: STAP幹細胞の性別について】
外部リンク[html]:mainichi.jp

1. FLS x 8株 (129B6F1-GFP マウス由来, ただしCDBの解析によれば FLS-3 と FLS-4 は B6129F1?)
 → 全てオス
2. FLS-T x 2株 (129B6F1-GFP マウス由来。FLS の一年後に樹立)
 → 全てオス
3. AC129 x 2株 (129/Sv マウス由来)
 → 全てオス
4. GLS x 13株 (Oct-GFP-B6 マウス由来)
 → 全てメス (ただし、CDBが行った2株の核型解析では、Y染色体の一部に欠失がみられるオス)
省2
17: 2014/07/03(木)17:12 AAS
【STAP細胞捏造に若山研外の何者かが協力した可能性も?】
外部リンク[html]:mainichi.jp

第三者機関 (放射線医学総合研究所) の解析により、
FLS という種類の STAP 幹細胞が
『若山研に存在したことがない』マウス由来であることが判明した。

つまり小保方氏は、捏造のためのES細胞 (もしくはマウス) を若山研外部から入手している。
小保方氏が外部から ES 細胞等を拝借してきたか、
もしくは外部に協力者がいてその協力者から渡された可能性もある。

外部 = 「CDB の他研究室」である可能性も否定出来ない。
ハーバード (HSCI) の ES 細胞という仮説もある↓
省1
18: 2014/07/03(木)17:12 AAS
【笹井氏、若山先生依頼の第三者機関の解析結果・kaho 氏の解析結果を無意味・無価値などと侮辱か】

若山照彦教授記者会見(6/16)より
動画リンク[YouTube]

テレビ朝日「今回の解析結果を共著者の方に報告されているようですけれども、小保方さん以外
の共著者の方から何か反応というのはあったのでしょうか」

若山先生「特にこの第三者機関の結果、例えば第三者機関の結果は、僕の部屋のマウスではない
ということが分かっただけで、何か結論が言えるわけじゃないじゃないかということで、価値が
ないというふうに言われたり、それから、性別についても、偶然そういうことは起こりうるだろ
うということで、それも意味が無い、あと遠藤さんの報告なども紹介したんですが、僕が出した
データではないのでそんなことを著者にいっても意味が無いっていうようなことで、そういうよ
省5
19: 2014/07/03(木)17:13 AAS
AA省
20: 2014/07/03(木)17:14 AAS
【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2012年12月〜2013年04月】

[2012年12月21日] 小保方氏の採用面接に参加
[2012年12月28日] 笹井版 Article 論文の叩き台作成 (8月にScienceに却下された論文を小保方氏が12月に改訂した物)
[2012年12月??日〜] 小保方氏と共に Letter 論文の執筆開始 (小保方氏が若山研時代に得たデータを基に執筆) STAP細胞の胎盤への寄与等が初めて記載される?
[2013年01月??日] 丹羽氏の質問によりSTAP-SCでTCR再構成が無いことが判明。なお笹井氏はこれ以前に何故かその事実を把握済み。
[2013年01〜03月] 笹井研で小保方氏が撮影したライブイメージング画像を確認。また、小保方氏作製のSTAP細胞の in vitro での分化実験を笹井研室員が確認
[2013年03月01日] 小保方氏が CDB にユニットリーダーとして着任。以降、小保方ラボの立ち上げまで笹井研に間借り
[2013年03月10日] 笹井版 Nature 論文二編を投稿 (以降採録まで改訂・追加実験を繰返す)
[2013年04月24日] 発明者の一人として国際特許出願を行う。
 それまでに出願済みの2本の米国仮特許出願との相違点は
省3
21: 2014/07/03(木)17:15 AAS
【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2013年5月〜現在】

[2013年05〜09月?] 小保方氏が次世代シーケンサーによる解析を行う
 この解析データについては kaho 氏や複数の大学の研究チームによって疑義・不正が指摘されている。
[2013年08月??日] 若山氏から「責任著者から外して欲しい」との申し出を受けたがこれを慰留
[2013年10月??日] 小保方ラボ工事完了・立ち上げ
[2013年12月20日] 笹井版 Nature 論文二編の採録決定。上述の国際特許出願との相違点は
 1. 光る胎児と胎盤の画像
 2. メスのSTAP-SC
 3. 実験条件の異なる博士論文からの画像の不正流用、等
 光る胎児と胎盤の画像については、不可解な画像の誤用、また画像修正等の不正の可能性も指摘されている。
省6
22
(3): 2014/07/03(木)17:15 AAS
【STAP細胞の胎盤寄与・STAP幹細胞・FI幹細胞の時系列】

2011年11月頃
 小保方氏・若山氏、STAP細胞の樹立、キメラマウスの作製に成功
 若山氏、STAP幹細胞 (STAP細胞の培養手法?) の樹立に成功
2012年4月24日
 米国仮特許出願 (US61/637,631)、STAP細胞の胎盤寄与、STAP/FI幹細胞に関する記述なし (ただし、STAP細胞の培養に関する言及あり?)
2012年06月頃
 [自己点検報告書によれば]
  小保方氏、STAP細胞から胎盤形成に寄与する幹細胞 (FI-SCか?) を樹立する研究に取り組む
  (ただし、実際にいつ樹立に成功したかは不明。
省18
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(3): 2014/07/03(木)17:16 AAS
■時系列の仮説

最初は本当に酸に付けて死んだ細胞を若山氏に渡す → 失敗が続く (2011年4月〜?)

あるときから (若山氏がインジェクション方法を変えた時から?)
ES細胞を偽って渡す → 成功 (胎仔が光る) (2011年11月)
(※最初からESを渡し続けていて、たまたま手法変更で成功した可能性もあり)

最初の米国仮特許出願 (Nature 初稿投稿相当)
このときは「胎盤も胎仔も光る」という記載・画像は一切なし (2012年4月)

省15
24: 2014/07/03(木)17:17 AAS
2chスレ:life
[理研 & CDB有志が調査すべきSTAP論文疑惑(の一部)]

 ・緑蛍光を確認するためのネガコン画像に赤フィルターというハイセンス実験
 ・FACSの測定条件がバラバラなため何を比較して良いか分からないのに、論文を仕上げた努力
 ・CD45+細胞でGLが見えない大発見
 ・バイサルファイトの図にパワーポイントか何かでわざわざ上書きする努力家の小保方氏
 ・数々の多能性マーカーをqPCRで調べたら、どれも発現量が同程度という新発見
 ・テラトーマを正常組織にまで育て上げた小保方氏の手腕
 ・細胞の増殖グラフが山中教授の論文と瓜二つ。ESとSTAP-SCの測定間隔をずらすことで独自性をアピール
 ・ES細胞由来キメラで、胎盤内の血管組織などの中胚葉系細胞にさえES細胞が寄与しなかったという超常現象
省7
25: 2014/07/03(木)17:17 AAS
[小保方氏、捏造がバレそうになってヒトでのSTAP細胞捏造に着手!?]

調査委員会の立ち上げ直後からヒト関連の細胞・培地等を立て続けに発注

Twitterリンク:keikuma
の予算差引明細表より:
起案日   摘要
2014.02.18 Human Melanocyte Growth Supplement(HMGS)
2014.02.26 Cell System-Fb Cells
2014.03.05 HUMEC READY MEDIUM
2014.03.07 PROTEOEXTRACT(R) SUBCELLULAR PROTEOME EXTRACTION KIT
省2
26: 2014/07/03(木)17:18 AAS
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