STAP細胞の懐疑点 PART705

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2: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:24:50.84

●STAP細胞に関する学術的な疑義について

【主要文献】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/3
【参考リンク/兄弟スレ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/4
【STAP細胞　元細胞の由来，論文と矛盾】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/5
【日経サイエンス8月号まとめ(仮)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/6
【日経サイエンス9月号まとめ (仮)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/7
【STAP幹細胞の解析結果の7月22日時点でのまとめ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/8
【STAP細胞が胎盤にも胎児にもなるという記載の変遷】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/9
【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2012年12月～2013年04月】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/10
【STAP問題における笹井芳樹氏の時系列: 2013年5月～2014年8月】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/11
【STAP細胞の胎盤寄与・STAP幹細胞・FI幹細胞の時系列】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/12
【時系列の仮説】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/13
【理研 & CDB有志が調査すべきSTAP論文疑惑(の一部)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/14
【小保方氏、捏造がバレそうになってヒトでのSTAP細胞捏造に着手!?】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/15
【NHKスペシャル「調査報告 STAP細胞 不正の深層」まとめ (仮)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/16

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/2

3: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:25:20.29

●STAP問題に関する、理研及び学会・大学の対応その他追加など
【日本学術会議幹事会声明「STAP細胞事案に関する理化学研究所への要望と日本学術会議の見解について」(2014年7月25日)】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/17
【早稲田大学終了のお知らせ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/18
【理研職員４割が論文調査の優先を　アンケート、検証実験に不満募る】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/19
【第2回理研所内説明会まとめ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/20
【竹市雅俊 CDBセンター長、調査報告の一部を削除】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/21
【野依理事長ら理研幹部、遠藤氏や若山氏の解析結果公表に圧力】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/22
【改革委による残存試料解析・不正全容調査の要求を理研本部・CDBは拒否】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/23
【CDB有志からのリークが報道された直後に理研理事から全役職員に向けて発せられたメッセージ】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/24
【笹井氏、小保方氏から画像不正流用を伝えられ、隠蔽工作と取られても仕方のない行動を取る】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/44
「ケビンコスナー発言」「O-S結合」
http://slashdot.jp/journal/578550/STAP%E7%B4%B0%E8%83%9E%E3%81%AE%E9%9D%9E%E5%AE%9F%E5%9C%A8%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6%EF%BC%83%EF%BC%92
「NHK スペシャル・論文には「TCR再構成を調べた」とはあるが「再構成があった」とは書かれていない。」
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/57
【細胞リプログラミング研究ユニット」に係る 経費の支出に関する全ての資料 (公開用).pdf】
http://www.nantoka.com/~kei/riken/
【理化学研究所の小保方博士が発見したＳＴＡＰ細胞について国際公開公報の読み方】
http://www.sumire-pat.jp/365/
【STAP細胞に関する丹羽中間報告関連】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/94-100

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/3

6: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:27:09.63

●ネイチャープロトコル誌の論文・セルシード小保方論文疑惑などについて

【ネイチャープロトコル誌の論文疑惑について】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/58
【セルシード社の論文は小保方だらけ 】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/32
【セルシードの名前は疑惑として世界に報道】
【小保方の闇３】
【岡野コレスポ 。Fig4て、正常のヒト皮膚組織だと思うんですが？ これも完全捏造ストーリー？
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/60-62】
【右から2番目の図とか、メラニン入ってないか？】
【論文投稿の際に深く関係するにもその事実を隠蔽】
【Fig4の作り方を示したFig1-3で説明されているセルシートのものにはみえない 】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/64-66
【Obokata et al., J Biomed Mater Res A, 2008（Nat Protoc, 2011の元論文）】
不正検証　1～5
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/78
・Wikipediaの岡野光夫氏の記事、東京女子医大のIPで該当疑惑を除去する行為
・岡野光夫教授のセルシードとの利益相反などに飛び火
・OCIとFCOIの区別を、大和は両方違反
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/80-82
まとめサイト 【悲劇速報　小保方晴子博士の２００８年の論文に画像加工の痕跡か 】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/86
【Takahashi and Yamanaka, 2006（正しい画像の例）、Obokata et al., 2008（不自然に見える） 】
http://wc2014.2ch.net/test/read.cgi/life/1407864172/89

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/6

7: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:27:42.23

●中間発表以後の出来事
【stap論文 SCIENCE&NATURE　査読関連】
https://research.bwhanesthesia.org/site_assets/51520d191eea6679ce000001/cterm/Revised_STAP_protocol-28bcd7e61d02a23624eb590717e241fe.pdf

http://retractionwatch.com/2014/09/10/truly-extraordinary-simply-not-credible-suspiciously-sharp-a-stap-stem-cell-peer-review-report-revealed/

http://retractionwatch.com/2014/09/11/potentially-groundbreaking-highly-provocative-nature-stap-cell-peer-reviews-published/

http://news.sciencemag.org/asiapacific/2014/09/exclusive-nature-reviewers-not-persuaded-initial-stap-stem-cell-papers

http://news.sciencemag.org/sites/default/files/NATURE%20REVIEWS.pdf

【ヴァカ・コジ新プロトコール】
https://research.bwhanesthesia.org/research-groups/cterm/stap-cell-protocol

【ＳＴＡＰ論文に修正要請　投稿当初、ネイチャー誌 】
http://www.sponichi.co.jp/society/news/2014/09/12/kiji/K20140912008917150.html
小保方氏らは２０１３年３月にネイチャーに論文を投稿。メールは同年４月に送られ、論文は同年１２月に受理された。
ネイチャーの担当者はこの件についてコメントを拒否しており、サイエンスの記者は「この間に何が起きたかは不明だ」としている。

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/7

10: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:30:02.24

681 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2014/09/22(月) 19:54:14.46
>>665
これですな

Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
Takaho A. Endo*
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/gtc.12178/abstract

RNA sequencing (RNA-seq) provides information not only about the level of expression of
individual genes but also about genomic sequences of host cells.
When we use transcriptome data with whole-genome single nucleotide polymorphism (SNP)
variant information, the allele frequency can show the genetic composition of the cell population
and/or chromosomal aberrations.
Here, I show how SNPs in mRNAs can be used to evaluate RNA-seq experiments by focusing on
RNA-seq data based on a recently retracted paper on stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP) cells.
The analysis indicated that different types of cells and chromosomal abnormalities might have been
erroneously included in the dataset.
This re-evaluation showed that observing allele frequencies could help in assessing the quality of
samples during a study and with retrospective evaluation of experimental quality.

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/10

12: 名無しゲノムのクローンさん [] 2014/09/22(月) 22:33:48.51

(ミﾐ ヽヽヽヽﾘﾘﾉﾉノノ 　　
　　　 ((ミ　　 ,,､,､,､,､,､,､,､､ 彡　　
　　　((l ( i')))))　　　　　　　i彡 ))
　　(((( .|　」　　　／'　'＼　　|)))) 　　　　　　*、.　*、　　　　　　　　｡*ﾟ.　　　　 .*ﾟ,+・+。-*｡+｡*
　　(((,ｒ-/)━【 -･=-】【-･=】━|　)))　　　 　　ﾟ+、　ﾟ+、　　　　　 *　・ﾟ　　　 　　　 　 　 　。*ﾟ
　　 (( l　 ))　　 　 ﾉ( ､_, )ヽ　　|))))　　 　 　 　　*。　 *。　　　　　 +ﾟ　　　　　　　　　　 *′
　　)))))ｰ' 　　 ノ､＿_!!＿,.､　 |)))))　　 　　　　 　　 +｡. 　 +｡　　　　ﾟ*,　　　 　　　　　　 *ﾟ
　)))))∧ 　　　　 ヽニﾆｿ　　　l ))) 　　　 　　　 　　　 *｡.　 *　　　　｡・　　　　　 　　　,+ﾟ
ノ((((／ミヽ 　 　　　　　　　 /／　　　　　　　　　　　　,・ﾟ　｡*ﾟ　　　 .+ﾟ　　　　　　　 ｡*,,
　／ 　 　 ヽ.　 ｀ー--一' ノ/ヽ　　　 ノ７_,,, ､　　　　*ﾟ　 ,*ﾟ　　　　　 *`　　　　 　 +ﾟ
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　　　　~''(_)(_)(_)(_)ソ1 　　　　　 ヽノ　　　,イ^　*ﾟ　 +ﾟ　　　　　　　　ﾟ*′　　　,,*ﾟ,　　　　　　　　☆
　 　　ヽ/｀､＿, ｨ/　　　　　　　　　 ヽ─/　　 *′ *′　　　　　　 *ﾟ,+・｡-*　　ﾟ+｡*。・+。-*｡+。*ﾟ
　　　／ 　　　　/　　　　　　　　　　　) /
　　　　　　　　 /　　　 　　　　　　　　 i　ttp://www.rikejo.jp/wp-content/uploads/2014/01/img-130130404.jpg
＼　　　　　　ノ　　　　　　　　　　　　　|　　ttp://www.twmu.ac.jp/ABMES/ja/memberlist
　 ＼＿＿ ／　　　　　 　　　　　　　 ﾉ　　ttp://i.imgur.com/99rPfV4.jpg

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/12

13: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:42:06.19

8月26日に8年ぶりに文科省の「研究活動における研究行為への対応等に関するガイドライン」が改訂された
小保方の現所属理研のネット上の匿名指摘であっても具体性と論理性があれば不正調査するとの改革方針もそれに沿っている
一方　所属機関に不正認定研究者の過去の全論文調査させるのがこれまでの全事案での文科省の指導である
したがって小保方が筆頭著者のNat Protoc 2011とJ Biomed Mater Res A2008の２論文の疑惑を
理研が調査をしなければならないスイッチが二重の意味ではいった
当然女子医大と早稲田にも調査義務がある
違反したら女子医にも間接経費返納命令や資金配分停止がでるのが新ガイドライン

1月29日の割烹着会見後　2月9日頃にはSTAPのNature論文に懐疑点が指摘され　STAP細胞懐疑スレが立った
わずか10日後の日本時間2月19日にはNatureが疑惑2論文を無料開放して人々が疑惑に気づいた

今回は　小保方　大和　常田　岡野の4名が著者のNat Protoc 2011論文と
その4名に阪大西田ら2名が加わっている小保方が筆頭著者のJ Biomed Mater Res A2008論文について
8月23日土曜日に論文中の不正疑い図が多数精密に指摘されて　STAPの2論文や小保方D論並に疑惑図だらけになって
細胞シート再生医療研究不正論文疑惑が発覚

Nat Protoc 2011論文Fig.4でマウス皮下に移植した1層のヒト細胞シートから分化したはずの組織写真に
どう見ても正常人体組織解剖学アトラスか何かからコピペしたきれいな完全なヒト正常組織のみ写っていて
上下にマウス組織が全く見えないのもSTAP騒動のテラトーマ写真と類似した犯行パターンである

Nat Protoc 2011論文とJ Biomed Mater Res A2008論文と岡野賞賛のNHK仕事の流儀の細胞シートはそれぞれ別の物に見え　捏造や手品が疑われる
NHKは岡野の大がかりな印象操作に利用されたことを反省して　今日から岡野と澤を徹底追跡して不正露見ドキュメントを制作してほしい

阪大心臓外科澤と眼科西田が行ったセルシード社製細胞シート移植人体応用手術の根拠が疑惑論文2本と疑われる
細胞シート関係に200億円もの公的研究費が配分されていた主たる根拠が疑惑論文2本と疑われる
学問と国民の安全のために新ガイドラインに沿った　小保方と大和と岡野の細胞シート移植再生医療の疑惑2論文の検証と不正調査が重要である

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/13

14: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:45:48.89

【滲出型加齢黄斑変性に対するiPSシート移植臨床研究の安全と効果と規制緩和の懐疑点まとめ（仮）】
前臨床試験と見なされ得る閲覧可能な動物実験ソースを厚労省やCDBびとん医師のサイトなどにて調査した
9月3日のツイッターでの「昨日教えていただいた資料では、免疫不全マウスでの実験については記載されていましたが、
その後のラットやカニクイザルでの結果はまだ論文になっていないという事ですか？」との問いに対するびとんの「そうです」との4日のツイートと
STAP騒動でも良識的な意見を発表し続けた幹細胞研究者トップ50名にも選ばれている米国ノフラー教授が去年２月に
「まだ前臨床データが公表されてないのが少し心配」と書いているのが「ない」と一括で引用できる二つの参照先

2013年6月26日第27回ヒト幹細胞臨床研究に関する審査委員会議事要録によるとラット1回とカニクイザル1回だけ　
ラットへの動物実験の2013年Stem Cell Rep論文では生着率も腫瘍化頻度も治療効果も記載無し
iPSシート移植手術は治療効果がないので　単なるiPS移植安全確認人体実験
幹細胞移植後腫瘍発生は5年以上経過後も珍しくないので長期観察が大切だが
公表された9月12日に強行した人体安全試験計画の腫瘍化観察期間は僅か3年
3年以降に腫瘍発生しても報告義務無し
iPSが網膜色素上皮に分化した証拠を未公表なので　「iPSから笹井の方法で分化させたという謎の細胞群」の安全試験にすぎない
STAP事件主犯笹井の分化方法が再現できている証拠が未発表だが　口では「できた」という凹的態度

女子以下丘野と故博士と山仲の影響力で
安全のために中大動物実験が必要だった「薬事法」から逸脱して　まともな規範だった「ヒト幹細胞を用いる臨床研究に関する指針」を廃止して
治療効果がないのを7年間隠蔽できる勝手な新ルール「再生医療等の安全性の確保等に関する法」がパブコメ中
委員会やそれを任命する権限者の誰がどのように　FDAも驚く規制緩和が実現したのかを検証することが日本の将来のために不可欠と考えられる
研究不正を隠蔽している人物達が関与した安全と倫理に懐疑点があり、たとえ手術が成功しても和田心臓移植以下の扱いを受けるのが確実
遺伝子治療は腫瘍発生を含む2件の欧米の死亡事故で全面的に人体実験が停止した　丘野や山仲やびとんはその意味を理解できない残念な到達程度

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/14

15: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:47:35.48

35 名前：名無しゲノムのクローンさん 投稿日：2014/09/21(日) 05:19:37.36
撤回されたSTAP細胞論文は、Natureへの投稿前にScienceやCellにも同様の
内容で投稿されリジェクトされていたと報道されている。、
今年（2014年）９月に、Scienceに2012年に投稿された際の査読者コメントが
論文撤回まとめサイトのretraction watchに掲載された。

この論文は3人に査読され、全ての査読者が厳しいコメントを出していた。
特にReviewer 1は、（1）自家蛍光の見間違い、（2）他の細胞のコンタミ、
（3）不適切な図の切り貼り、といった、論文不正の疑念となっている問題点を
指摘している。

論文の査読コメントが公になることは通常なく、これだけでも驚くことだ。
http://retractionwatch.com/2014/09/10/truly-extraordinary-simply-not-credible-suspiciously-sharp-a-stap-stem-cell-peer-review-report-revealed/

さらに、さらに今度はNatureに2013年に投稿された際の査読コメントが、
Scienceのサイトに掲載された。しかも、リークされたメール文章のコピー
（PDF）がそのまま載せられている。
http://news.sciencemag.org/asiapacific/2014/09/exclusive-nature-reviewers-not-persuaded-initial-stap-stem-cell-papers

査読文書のコピー
http://news.sciencemag.org/sites/default/files/NATURE%20REVIEWS.pdf

この査読コメントも論文内容に対してあまり良い評価ではないが、この後
更なる修正追加を経て結局Natureに受理された。

科学雑誌、Scienceが週刊誌のような「私信暴露記事」を掲載することは
極めて異例。これに対し、Nature側は今のところ第三者的に事実を伝えるのみ。

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/15

19: 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/09/22(月) 22:49:25.98

滲出型加齢黄斑変性は網膜と色素上皮層の間に滲出液がたまって
網膜と色素上皮層が離れて　いわばfeederと距離が離れて網膜が変性する病気
色素上皮層自体はほぼ正常と考えるのが今の主流
もともと正常な色素上皮層をiPS上皮シートに置換しても治療効果は期待できない
滲出源に蓋をできるわけではなく　色素上皮はもともと正常だからだ
iPS上皮シートは捏造犯笹井の方法で分化誘導した細胞群　正常な色素上皮層ができた証拠は提示されていない
中途半端な分化度で　脱分化して腫瘍化の種になる細胞の除去程度も不明
ビトン医師も山仲も検証したと口だけなのは凹レベル

iPSではない色素上皮移植が網膜変性を遅らせる外国の20年前の動物実験例はある
CDBでのiPS色素上皮シート動物実験の断片でない治療成績を公表せよ
AMDは多因子疾患であるので病因は滲出液の漏出やくみ出しに関与する分子の異常が複数あり　中には色素上皮細胞に分布する原因遺伝子産物もあると考えられる
そのような限られた症例には色素上皮移植が有意義な様にも見えるが
患者本人の細胞から作成するiPS細胞移植では同じ遺伝子に異常があるので　健常人の細胞からの移植と比べると病気再発可能性が高い
必然的再発はAMDに限らずiPS移植全体の克服困難な宿命的限界である

黄斑があるのはヒトとサルのみ　滲出型加齢黄斑変性モデル動物は存在しない
現時点ではこの多因子疾患を基礎研究して疾患モデル作成につなげるのが医学の王道である

網膜神経節細胞から第2番脳神経である視神経に情報が伝わるところと色素上皮層とは無関係なので視力改善はおこらない
つまり治療効果は期待できない
まともな臨床試験の効果判定デザインでは血管除去の治療効果はiPSシート移植とは別扱いされる　故意にまぜて語るビトンの医学は杜撰

色素上皮層を置換するために　3x1.3mmもの巨大な穴を網膜にあけてiPS上皮シートを入れる手術
機能している部分をふくむ患者の大切な網膜に穴をあけるばかりか穴の辺縁から正常な部分も巻き込んで網膜の剥離が懸念される
置換しなくていい色素上皮を置換するために網膜破壊と網膜剥離をおこす術式　
腫瘍発生の危険度は未発表で　治療効果が期待できないiPS人体実験を可能にした女子以下丘野らによる薬事法を無視する規制緩和の検証が必要

http://wc2014.5ch.net/test/read.cgi/life/1411392259/19

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