[過去ﾛｸﾞ] STAP細胞の懐疑点 PART705 (1001ﾚｽ)
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648(1): 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)14:50 AAS
>>644の補足
NGSのmRNAデータの分析から判明するDNA上に存在するSNPも存在するが、
DNA上に存在するSNPのうちにはRNAに転写されない部分や短時間で消滅
する転写部分でNGSのRNAデータの分析にほとんど反映されないSNPもある。
653: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)14:54 AAS
>>555 >>644の補足
多能性でない細胞の場合は、>>555 >>644で指摘したSNP以外にも
メチル化によって活性を失った遺伝子部分のSNPがあり、そのSNPも
NSGのmRNA解析にかからない。
657(1): 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)14:57 AAS
>>652
RNA-seqデーターに反映されるSNPもあるが反映されないSNPもある。
SNP自体はDNA上に存在する。
「SNP RNA」のGoogle検索でトップにヒットした英語版wikipediaの
「Single-nucleotide polymorphism」には、
外部ﾘﾝｸ:en.wikipedia.org
> Single Nucleotide Polymorphism (SNP, pronounced snip; plural snips)
>is a DNA sequence variation occurring commonly within a population
>(e.g. 1%) in which a single nucleotide ― A, T, C or G ― in the genome
>(or other shared sequence) differs between members of a biological
省2
696(2): 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)15:47 AAS
>>677
>遠藤高帆氏のトリソミー解析が間違ってたって本当？
DNA配列は(確率的にわずかな突然変異を除けば)確定的で不変でデジタルデータ。
ところがNGSのmRNAデータは状況によって変化するし、発現量・残存量は
アナログ量をデジタル化したもので、主観によって判断が異なる場合もある。
もちろん、場合によっては客観的に断定できる場合もあるかもしれないが、
遠藤高帆自身が論文のアブストラクトの主要部分に不確実な推量を表す
助動詞「might」を使っている事と上述のmRNA発現量・残存量が状況次第で
変化しうるアマログ的量である事と考え合わせると、著者の遠藤高帆ですら
断定的表現のできない遠藤高帆の主観による初めから結論ありきの
省4
697: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)15:50 AAS
>>696の訂正
(誤)発現量・残存量はアナログ量をデジタル化したもので、
(正)アナログ量であるmRNAの発現量・残存量をデジタル化したもので、
702: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)15:54 AAS
>>696の補足。
適正に検査すれば刑事事件で有罪判決の決定的証拠となりううるDNAデータ
と、同じく核酸のデータであってもmRNAデータとでは分析の確実性に
「月とスッポン」ほどの差異がある。
720(1): 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)16:15 AAS
>>704
NGSの知識がなくゲノム資源解析ユニットの共著者らにNGS解析を丸投げした
小保方に言える事は、試料にES細胞(もしくは混入物)を「STAP細胞」と偽って
渡したか否か、「STAP細胞」として渡した試料は一回一個だけか、「STAP細胞」
として渡した試料は新規に作成したものか冷凍保存されてたものかという点
くらいだろう。
ただし、細胞内に存在する mRNA は DNA と比較すると非常に不安定な物質
であり、−80 ℃ で凍結保存しても半減期が約半年と言われており(wikipedia
「逆転写ポリメラーゼ連鎖反応」参照)、幹細胞化されてない「STAP細胞」は
死亡するため培養もできず、冷凍保存した「STAP細胞」をNGS解析用の試料
省1
721: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)16:19 AAS
>>720の補足
ただし、記者会見で理研は小保方が(NGS解析用試料を)細胞とペレットで
渡したとしており、冷凍状態のペレットで小保方が渡したとすれば
NGS解析担当者にも問題がある。
724(1): 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)16:21 AAS
不確実な推量を表す助動詞「might」論文掲載について日本分子生物学会理事は
記者会見すべきだ。 (>>511参照)
ついでに「SNP」の誤用の黙認についても釈明すべきだ。(>>555参照)
*****
>>603再掲。
739: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)16:33 AAS
>>728 >>729
小保方を支援するFBメンバーや某教団信者と一緒にするな。
私は、小保方が研究不正常習者でSTAP事件でも偽計業務妨害罪の主犯だと
認めている。
また、理研がSTAP細胞として公開した緑色蛍光細胞が実は細胞の内容物を
吐き出してネクローシス死後に緑色蛍光してる事もYouTubeで示している。
動画ﾘﾝｸ[YouTube]
また、HP記事にもしている。
[「STAP細胞」が死んだ細胞である証拠が小保方の論文と理研公開動画に存在する]
外部ﾘﾝｸ[htm]:www.eonet.ne.jp
748: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)16:45 AAS
>>555の訂正
(誤)「SNPs in mRNAs」だが人間の場合は遺伝子がDNAなのでSNPはDNAに存在する。
(正)「SNPs in mRNAs」だがマウスの場合は遺伝子がDNAなのでSNPはDNAに存在する。
753(2): 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)16:50 AAS
>>735
>SNP自体DNAの配列を指すからSNPs in DNAとは言わない
匿名だとウソ・デタラメ言い放題だな。それとも低能？
da Silva TA他(2011)参照(NCBIサイト記事)
外部ﾘﾝｸ:www.ncbi.nlm.nih.gov
>SNPs in DNA repair genes associated to meningitis and host immune response.
Yale School of Medicineホームページ記事参照
外部ﾘﾝｸ[aspx]:medicine.yale.edu
>Single Nucleotide Polymorphisms in DNA Repair Genes
>
省5
767: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)17:15 AAS
>>753の補足
Arnold Catsburg他(2007)参照
外部ﾘﾝｸ[pdf]:www.immunogenetics.nl
>Analysis of multiple single nucleotide polymorphisms (SNP) on
>DNA traces from plasma and dried blood samples
>・・・（中略）・・・
>Reliable analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in DNA
>derived from samples containing low numbers of cells or
>from suboptimal sources can be difficult.
Eureka Genomicsのサイトの記事参照
省12
811(2): 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)18:41 AAS
日本分子生物学会誌のGenes to Cells の遠藤高帆の論文
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism
allele frequency
のアブストラクトのページをWeb魚拓に保存しておいた。
外部ﾘﾝｸ:megalodon.jp
>Here, I show how SNPs in mRNAs can be used to evaluate RNA-seq
>experiments by focusing on RNA-seq data based on a recently
>retracted paper on stimulus-triggered acquisition of pluripotency
>(STAP) cells.
>The analysis indicated that different types of cells and chromosomal
省14
815: 浅見真規 ◆Xy1SDuGQ6I 2014/09/23(火)18:47 AAS
>>814
小保方擁護は年末・年始はまずい酒を飲む事になる可能性が高いな。
小保方自身は檻の中で酒も飲めないかもしれないし。
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