[過去ﾛｸﾞ] 「STAP細胞の懐疑点」に関するテンプレ・スレッド 3©2ch.net (447ﾚｽ)
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268: 2015/02/12(木)20:59 AAS
654 名前：名無しゲノムのクローンさん[sage] 投稿日：2015/02/12(木) 17:38:33.47
遠藤高帆上級研究員ブログより
外部ﾘﾝｸ:slashdot.jp
＞ なお小保方氏への書面調査で、小保方氏はSTAP細胞を作製する際に
＞若山氏から渡され たマウスの遺伝的背景を把握していなかったこと、
＞また、若山氏から(Oct4-GFPを有する)GOFマウスを渡されたものと
＞思っていたことが明らかになった。
＞この説明は「明らかになった」で済ませることはしてはいけなかったと思います。
＞あまりにも絶句してどう説明してよいか分かりませんが，
＞論文の論理を根底から覆すことになるからです。
省8
269: [age] 2015/02/12(木)22:16 AAS
外部ﾘﾝｸ:slashdot.jp
kahoの日記： 終わりに代えて〜STAP論文調査委員会NGSデータの公開を求める一提案〜
私事によりここ数日は休暇を取り多忙であったため出遅れてのコメントになります。
そのつもりはなかったのですがこちらでの発言に対して匿名での（卑怯な）告発扱いをされたこともあり
最近は実名でTwitter(@caripso)での発言だけにしていました。今回こちらに書くのは140文字では
収まらないからですが，色々騒がせてしまったこともありこのアカウントはこのエントリ
で最後にしようかと考えているところです。
私は調査委員会そのものに呼ばれたことはなく，解析も担当していないため発言には制約を受けないと考えますので
思うところを述べていきます。以下の発言は組織とは全く関係なく，私一個人の意見です。
調査報告書に示された残存サンプルの解析は情報量も解析内容も膨大かつ詳細で，感嘆せずにはいられませんでした。
省6
270: [age] 2015/02/12(木)22:17 AAS
第一にNGSデータへの適用について。
16ページ2-3-1-2 3)において，残存していたChIP-seq inputからSTAP細胞として持ち込まれた細胞が
ES細胞に類似していることが示されています。
STAP細胞は幹細胞化を行っておらず，増殖もほぼ起こらない細胞ですから「誰が」ES細胞をSTAP細胞と
偽って解析に持ち込んだかは容易に分かると思います。
この点について証言もなく，評価でも触れられていないのは残念です。
271: [age] 2015/02/12(木)22:20 AAS
第二に16ページ，2-3-1-2 4)において，論文には用いられていない未登録RNA-seqデータとはどのような結果で，
Letter Fig.2iは再現できないとはどういう意味かということです。
報告書には細胞の遺伝的背景のみが書かれていますが，遺伝子の転写パターンがどうであったかについての記載がなく，
「データを取捨した…小保方氏と笹井氏」がどのようなデータを見て，どう考えたかを推測することができません。
詳細な内容を記述するより，細胞名とデータそのものを公開していただきたいと思います。
またRNA-seqは2012より行われていたと書かれていますが，2012年末から論文作成に参加されたという笹井先生が
「取捨」に関わったのがいつのことなのか，また決して安くはないRNA-seqの費用がどこから出ていたのかも
調べて公開していただけたらよかったと思いました。
272: [age] 2015/02/12(木)22:22 AAS
第三に，スライド10ページ目の図です。
この図の説明は粗雑にすぎると思います。「同一といえるほど酷似」というのは明らかな言い過ぎであり，定量的な情報も示されていません。
例えば父親であるB6および母親である129において多型があり，同じ親から生まれた同腹のマウスであればここで示されたような類似
（３染色体の一致）は十分あり得ます。
精力的に解析された方々に注文をつけるようで心苦しいですが，このように言う理由は公開NGSデータから私もどうようの特徴を
既にみつけており，しかし検討の結果決定的なものとは言えないと参考程度にとどめていたことがあります。
B6と129で違いのあるSNPsについて染色体上に並べた解析を行い，ChIP-seq (H3K4me3)，TruSeq，SMARTerで染色体構造について
調べていました。
このデータはスライド10ページに言う，第11, 12染色体における特徴的なSNPsの偏りを見つけ，メディアによる取材時にも
少し話しましたが，トリソミーを持っていたSMARTer STAPもAcr-GFP/CAG-GFP由来であるのではないかと考えました。
省2
273: [age] 2015/02/12(木)22:23 AAS
また，11ページ目に示したデータはFES1とFES2という２つの細胞の遺伝的関係が示されて初めて意味を成します。
FES1とFES2を，同系統のマウス（岡部研B6マウスと129X1SLCマウス）から得られた別の細胞を外郡として比較し，それらが遺伝的に近いのか遠いのかという基本データがあって初めて意味を成す情報になります。
これを調べるためのデータは既に解読された配列の中に含まれていますので，新たに調べる必要も調査委員会やそれに関わった方々が情報として解析する必要もなく，生データを公開することで明らかになると思います。
274: [age] 2015/02/12(木)22:26 AAS
最後に感想として驚いたことを。
25ページ目
なお小保方氏への書面調査で、小保方氏はSTAP細胞を作製する際に若山氏から渡され たマウスの遺伝的背景を
把握していなかったこと、また、若山氏から(Oct4-GFPを有す る)GOFマウスを渡されたものと思っていたことが
明らかになった。
この説明は「明らかになった」で済ませることはしてはいけなかったと思います。
あまりにも絶句してどう説明してよいか分かりませんが，論文の論理を根底から覆すことになるからです。
その認識が論文出版時まで同じであったとしたら，あの原稿は書けませんし読むことすらできないはずです。
CAG-GFPのSTAP細胞を得たのは，Oct4-GFPの細胞による観察に基づき細胞塊を取得することによって
初期化した細胞が得られることを知っていたからというロジックですが，そのロジックを考えたのが
省4
275: 2015/02/12(木)22:33 AAS
懲戒解雇相当！ どいて！！！！
画像ﾘﾝｸ[jpg]:livedoor.blogimg.jp
276: 2015/02/13(金)17:34 AAS
埼玉県ふじみの市 東武東上線上福岡駅
駅前に中途半端な高さの
タワマン風の賃貸物件がある。
277: 2015/02/13(金)17:45 AAS
（●●）おかめ速報！
そもそもが、祖母から受け継いでもいない新品の割烹着を
おばあちゃんから貰った割烹着とか嘘ついて着ていた時点で、
家族はあれ？と思うはずだろ。
少なくとも、娘か理研どちらかは胡散臭いと気づいていたはず。
（●●）
278: 2015/02/13(金)18:39 AAS
ちっきしょ〜
横浜理研狙ったつもりがハズレた
トルネード兵器は使いづらい
279: 2015/02/13(金)18:42 AAS
そのうち、笹井の敵討ちに京都大学OBがMUレーダーで横浜理研をぶぶっこわすかもしれぬ
280: [age] 2015/02/14(土)00:28 AAS
虚構「stap細胞」不正の原点『１』
◎ 小保方晴子
画像ﾘﾝｸ[jpg]:www.waseda-oukakai.gr.jp
（↑なぜか小保方画像だけがHPから削除されているがサーバーには有りw）
外部ﾘﾝｸ[html]:www.waseda-oukakai.gr.jp
2007年度早稲田応用化学会給付奨学生 小保方 晴子（常田研 Ｍ２）
「現在、応用化学科のＯＢである東京女子医科大学岡野光夫教授との共同研究の下、かねてから希望していた再生医療の研究を行っています。」
＊ (本奨学金給付制度の趣意書(HP参照)には、「少なくとも経済的理由による学外への頭脳流失を防ぐために、
奨学金制度の意義がある・・・」が 一番の選考基準となっている。...
両親縁者から借財出来る環境の方は、そうでない仲間に奨学金給付の機会を譲って頂ければと考える次第である。<早稲田応用化学会会長 里見 多一)
省5
281: [age] 2015/02/14(土)00:30 AAS
虚構「stap細胞」不正の原点『2』
・小島宏司（こじま・こうじ）
バカンティが創始した「組織工学（ティッシュ・エンジニアリング）」の説明、
培養皿にも触れる ※グロ画像注意
外部ﾘﾝｸ[html]:terumozaidan.or.jp
小島の前科「違う実験の画像を使いまわし」
外部ﾘﾝｸ[html]:stapcells.blogspot.jp
【STAP細胞】小島、人間の赤ちゃんでの実験も着手。
動画ﾘﾝｸ[YouTube]
・大和雅之
省6
282(1): [age] 2015/02/14(土)00:35 AAS
●中間発表以後の出来事 5
【捏造認定により全額返還の対象になる研究費 】
2chｽﾚ:life
【理化学研究所に対する運営交付金の推移（単位：百万円）】
2chｽﾚ:life
【虚構「stap細胞」不正の原点『１-2』 】
2chｽﾚ:life
【申請せずマウス実験、小保方氏参加も無届け】
外部ﾘﾝｸ:headlines.yahoo.co.jp
【 ＳＴＡＰ論文:主要著者、誰も実質処分受けず】
省5
283: 2015/02/14(土)16:27 AAS
>>1
テンプレは各懐疑点スレ>>1に貼られ、それで本来十分であるが、
工作員の悪意ある「まとめ」が作られるようになったため、
スレ住民がどうせまとめるならこうだろうといって書いたのが以下
2chｽﾚ:life
１．小保方氏のSTAP論文検証実験
→STAP細胞は再現できなかった。よって、それ以降の検証は出来ず。
→小保方氏は困惑。
→2以降は残存試料の解析結果のまとめである。
２．若山氏のSTAP／FI幹細胞作成の実験
省15
284: 2015/02/14(土)16:28 AAS
>>1
>>282の続き
不正に用いられたES細胞の由来について
2chｽﾚ:life
FES1 ＝ (129/GFP ES)
・2005年に若山研メンバー（留学生ではない）によって樹立されたacro-GFP/CAG-GFPをヘテロに有するES細胞。
・遺伝型は129B6 雄
・アレルは阪大岡部研由来
・通常、精子を光らせる目的に使用される
・STAPテラトーマに用いられた
省7
285: 2015/02/14(土)22:39 AAS
・英国紳士のブラックユーモア
190 名前：名無しゲノムのクローンさん[] 投稿日：2014/09/11(木) 00:42:24.37
> あの小保方論文が載った号のNature誌は黄禹錫の捏造事件について特集しており、
> 同誌は小保方論文が捏造だと分かった上であえてさらしものにしたのでは
外部ﾘﾝｸ[html]:www.nature.com
Whistle-blower breaks his silence
South Korean researcher reveals the fallout he faced from his tip-offs about former cloning fraudster Woo Suk Hwang.
Acid bath offers easy path to stem cells
Just squeezing or bathing cells in acidic conditions can readily reprogram them into an embryonic state.
895 名前：名無しゲノムのクローンさん[] 投稿日：2014/10/23(木) 16:30:29.60
省15
286: 2015/02/14(土)23:06 AAS
大英帝国の今のさまをみろ！
MI6も力ない！
こんな国、発展途上国より力ない！
名ばかりの亡国ｲｷﾞﾘｽ！！
287(1): 2015/02/15(日)11:07 AAS
FI幹細胞のまとめ（2015/02/15修正版）
０．基本的なこと
・幹細胞を樹立したのは全て若山で、幹細胞は小保方にも分与されている [1]
・幹細胞の樹立は全て2013年3月末の若山研の山梨移転完了前（小保方研はその後継） [1]
・小保方も一度だけ作成したと主張するが、記録もなく解析にも使われていない [2]
・幹細胞は小保方が作成したSTAP様細胞塊からは作成不可能 [3]
・STAP幹細胞とは培地が異なり、FI幹細胞の培地ではES細胞は増殖しない [4]
１．CTS1 ＝ FES1 ＝ 129/GFP ES（＝ FI-SC1 ＝ FI-SC2）
・STAP幹細胞FLS3と由来は同じでAcr-GFP/CAG-GFPのES細胞 [5]
・Letter Fig.2f, gおよびLetter Extended Data Fig.2a, bのキメラ作成に用いられた [6]
省10
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